Институт первоначально был образован в составе Главного управления милиции центрального аппарата НКВД СССР как Научно-исследовательский институт криминалистики (НИИК).

На НИИК были возложены задачи по разработке и внедрению научно-технических средств в деятельность милиции, совершенствованию методов и средств обнаружения и исследования вещественных доказательств. Институт проводил наиболее сложные экспертизы в интересах правоприменительной практики органов внутренних дел.

Сегодня ВНИИ МВД России выполняет функции головной научно-исследовательской организации МВД России в области изучения проблем оперативно-розыскной, уголовно-правовой, уголовно-процессуальной, административно-правовой, криминологической и иной деятельности органов внутренних дел.

За многолетнюю историю Институтом накоплен богатый опыт научного обеспечения деятельности органов внутренних дел, сформированы признанные в системе МВД и за ее пределами, в том числе и за рубежом, научные школы.

Сегодня ВНИИ МВД России состоит из пяти научно-исследовательских центров, в которых трудятся более 230 человек, среди них  имеют научную степень более 110 человек.