Село Болхуны сначала входило в Енотаевский уезд Астраханской губернии. С 1927 по 1928 годы было частью Сталинградской области, а сейчас относится к Ахтубинскому району Астраханской области.

Населенный пункт даже удостоился отдельной статьи в словаре Брокгауза и Ефрона. Там сказано, что село Болхуны лежит на левом берегу реки Ахтубы, основано в 1822 году малороссиянами и получило название от лежащих вблизи него песков, носивших калмыцкое название "болхо" (много).
Впрочем, о времени основания села мнения расходятся. Так, есть данные, что изначальный пункт – Балхунный – был основан не позднее 1770 года, что подтверждается геометрической генеральной картой Астраханской губернии 1770 года.

По другим данным, село основано в 1798 или 1792 годах. Как бы там ни было, уже в первой половине XVIII века место это упоминается в документах как урочище Бага-Болхуны. Там разворачивались важные и трагические события политической истории калмыков на Нижней Волге. В XIX веке в документах числится уже "селение Болхунское".
Итак, в знаменитом словаре объяснение топонима дано простое: основано рядом с песками, которых было очень много, что на калмыцком языке звучит как "болхо". Иными словами – "много песка".

Есть и немного иная трактовка: село названо по местному географическому термину – хотя тоже калмыцкого происхождения – "балхун", что означает "песчаные бугры, не покрытые растительностью".
Сами сельчане уверены, что первыми поселенцами были калмыки, занимавшиеся перевозкой соли (чумачеством) с озера Баскунчак. И, возможно, название села произошло от калмыцкого слова "болхохо" – довольно, хватит, дальше не пойдем, хорошее место. Жители села отмечают, что это правда: место на левом берегу Ахтубы и правда красивое и живописное, и вовсе не пески придают ему приветливый вид!