Инспекторы ГИМС могут потребовать остановки судна в случае, если судоводитель нарушает установленные требования. Инспекторы предъявляют их перечень нарушителю вместе с указанием нормативного акта, который и содержит эти требования (правила пользования маломерными судами на водных объектах Российской Федерации, правила плавания по внутренним водным путям Российской Федерации или правила пользования водными объектами субъекта Российской Федерации). 

Судоводитель, в свою очередь, предъявляет для проверки инспектору ГИМС удостоверение на право управления маломерным судном, судовой билет или его копию, заверенную в установленном порядке, и документ на право пользования судном при отсутствии на борту собственника или владельца судна.

Наиболее частые нарушения, регистрируемые сотрудниками инспекции:
- управление судном без документов необходимых для допуска к управлению маломерным судном (ст. 11.8.1 КоАП);
- нарушение правил плавания (ст. 11.7 КоАП), включая стоянку в запрещенных местах;
- нарушение правил маневрирования и несоблюдение требований навигационных знаков, управление судном, не зарегистрированным в установленном порядке (ст. 11.8. КоАП);
- нарушение правил обеспечения безопасности пассажиров (ст. 11.10 КоАП), в частности, отсутствие достаточного количества спасательных средств;
- управление судном лицом, не имеющим права управления (ст. 11.8 КоАП).

В соответствии с КоАП в отношении судоводителей-нарушителей применяются следующие административные наказания: предупреждение, наложение штрафа и лишение права управления маломерным судном.