Экс-глава ведомства попал в поле зрения следственных органов в ноябре 2014 года. Все это время по решению Кировского районного суда он находится под домашним арестом. От должности министра сельского хозяйства был освобожден в конце октября прошлого года. Иван Нестеренко предстанет перед судом по  обвинению в преступной халатности, причинившей ущерб на десятки миллионов рублей. По данным СКР, Нестеренко, узнав о планах продажи Агентством по управлению государственным имуществом контрольного пакета акций ОАО "Астраханский продукт" за 13,6 млн рублей, в декабре 2012 года предоставил этому предприятию государственную поддержку в виде субсидий на сумму более 108 млн рублей. О государственной поддержке, которая должна была повлечь удорожание стоимости продаваемого пакета акций, Нестеренко сообщил Агентству лишь после проведения аукциона. Таким образом, контрольный пакет акций предприятия, фактическая стоимость которого с учетом субсидий составила 43 млн рублей, был продан за 13,6 млн рублей, что повлекло ущерб государственному бюджету в размере более 30 млн рублей.